画中，左边的地平线比右边的低，蒙娜丽莎的左侧看上去比右侧大。历史上左边代表女性，体现达·芬奇崇拜女性。
因此，贝尔实验室的莉莲·施瓦茨有一天忽发奇想，在电脑上将《蒙娜丽莎》与达·芬奇的自画像相重叠，发现二者的眼睛、发际线与鼻子等轮廓竟然能够完全重合。施瓦茨最终得出结论，《蒙娜丽莎》就是达·芬奇的自画像。至于达·芬奇为什么要把自己画进一个永恒的女性形象，一种解释是因为他要用这种方式隐晦地挑战以基督教为代表的西方男性霸权话语。蒙娜丽莎是一个雌雄合体，这是达·芬奇心目中人性最理想的结合方式，男人和女人平等地融合在一起。从字源上来看，古埃及的生殖男神叫Amon，生殖女神叫Lisa，稍微玩一点变体的游戏，合在一起就变成了MonaLisa。
在《蒙娜丽莎》的故乡意大利，拥有无法估量的艺术宝藏，却不曾拥有《蒙娜丽莎》，不能不说是巨大遗憾。这是世界上拥有最多发烧友的一幅画，不仅艺术界，单就政界要员对她的迷恋就令人诧异：大名鼎鼎的戴高乐总统每当心绪烦躁时，必驱车前往卢浮宫欣赏《蒙娜丽莎》，出来后便满面春风，原先的烦恼荡然无存，而邱吉尔晚年有幸亲抚《蒙娜丽莎》时，竟无法控制颤抖的手指。
几百年以来，不少收藏家各自声称他们藏有真正的《蒙娜丽莎》，数量竟达60幅之多。更有趣的是，美国缅因州伯特兰美术馆在1984年收到一幅《不微笑的蒙娜丽莎》，经测定，此画确实是当年达·芬奇的手笔，画中的人物除了不微笑以外，其余都酷似蒙娜丽莎本人。专家由此推测，这幅《不微笑的蒙娜丽莎》可能是作者同时画的一幅底稿。
一些法国研究者们研究考察了卢浮宫博物馆中包括《蒙娜丽莎》在内的7张达·芬奇的画作之后分析，这位艺术大师作画时使用了非常轻薄的连续涂层，这种技巧也使得达·芬奇的作品拥有了无与伦比的魅力。法国博物馆研究与修复中心的专家发现，达·芬奇的画作有高达30层的涂层，使得他的作品非常精细。并且所有涂层加起来不超过40微米，大约只有一根人类头发的一半厚。所以，真假作品的分辨也许不是一件难事。
公认的真迹现藏于卢浮宫。当年达·芬奇迁居法国，身边就带着这幅画。达·芬奇死后，《蒙娜丽莎》即为法国王室所拥有，卢浮宫建成后，此画就被永久收藏。当年法国王室得到了《蒙娜丽莎》，为了更好地保护它，在表面涂了过多的光油;历经数百年光阴，光油变成了暗褐色，像我们目前看到的色彩;画表面已经开裂，形成了蛛网般的细密纹理。
然而，人们不解，现今看到的《蒙娜丽莎》与当初描述的不尽相同。莫非已经过他人做手脚了?的确，我们今天看到的画与当年达·芬奇初画的已经有了不小的差距。
据说，当年拿破仑得到《蒙娜丽莎》，为了将它装进现成的镜框，裁去了画面左右各3厘米;原先的画上两侧有石柱，现在看不到了，只能看见一点柱础。按说拿破仑给此画造成了极大破坏，可事实好像又不是如此。在今人看来，《蒙娜丽莎》的构图是完美无缺的，人物身后的风景拓展了画面空间，又很好地烘托了人物内心世界;相反，两侧增加了立柱反倒觉得构图沉闷，视野欠开阔，人物形象也失去了单纯。
民间也有一种说法认为，画面上蒙娜丽莎身后两旁的廊柱被切掉是由于1911年发生的那起盗窃案。作品失窃两年后，她出现在意大利，但是几年后，《蒙娜丽莎》被归还卢浮宫。但许多专家都认为，这次失而复得只是一场烟幕，真正的《蒙娜丽莎》已经被一位富有的收藏家重金收购，挂在卢浮宫内的只是一件赝品而已。[探索发现小狼观天下www.xlgtx.com/tangsuo/]
名画问世后的几百年间，人们对蒙娜丽莎的真实身份一直存在争议。流传较广的一种说法是，她真名为丽莎·盖拉尔迪尼，是意大利佛罗伦萨一名商人的妻子。一些历史学家认为，蒙娜丽莎是达·芬奇的自画像，因为达·芬奇是同性恋，感情生活不为人知，所以他把自己画成女人形象。而美国作家丹·布朗在其所着的《达·芬奇密码》一书中提到，蒙娜丽莎这个名字可能是字谜，暗指一位埃及神明。
在关于蒙娜丽莎原型的讨论中，拥趸最多的一种说法认为其原型是佛罗伦萨富商佐贡多的妻子。按照这种说法，达·芬奇应佐贡多的请求，用4年的时间为这位名叫丽莎·盖拉尔迪尼的贵妇绘制了这幅画像。那时，蒙娜丽莎的幼子刚刚夭折，她一直处于哀痛之中，闷闷不乐。为了让女主人高兴起来，达·芬奇在作画时请来音乐家和喜剧演员，想尽办法让蒙娜丽莎高兴起来。这幅画完成后，端庄美丽的蒙娜丽莎脸上那神秘的微笑使无数人为之倾倒。可是，人们又纳闷，如果真是这样，达·芬奇为何没有把画交给委托人，而是一直把它带在身边呢?
那不勒斯的卡罗·维斯教授则认为，画中的蒙娜丽莎不是良家女子，而是那不勒斯的一名高级妓女，达·芬奇捕捉到了一名职业诱惑者的微笑。或许这种说法有其可信之处，因为达·芬奇在佛罗伦萨期间的确是各种风月场合的常客。
达·芬奇十分看重《蒙娜丽莎》，在他生命中的最后几年中，他随时随地带着这幅画。随着达·芬奇的去世，蒙娜丽莎的身世也随即变成了一个谜团。
而最近，意大利国家文化遗产理事会主席西尔瓦诺·温切蒂借助显微镜观察油画中蒙娜丽莎的眼睛发现的微小字符又将为画中人的真实身份提供无限的遐想。英国《卫报》援引温切蒂的话报道：“肉眼看不出来。她绿褐色的右眼球上画有黑色的LV字样，很明显这是列昂纳多·达·芬奇的姓名首字母。”相比起右眼，蒙娜丽莎左眼中的内容更值得探索。温切蒂说，左眼球上的字符尚未辨明。“很难清楚分辨……但看起来是字母CE，也可能是B或者S。”温切蒂说，这些字符不是随意涂鸦，也不是随机形成。通过向两名行家咨询得知，这些字符是在放大镜下用微型画笔画出。
温切蒂指出，达·芬奇不仅是文艺复兴时期意大利杰出画家，还在科学和哲学领域表现出过人能力，热衷于用符号和密码来传递信息。
达· 芬奇是人类智慧的象征，他怀有神灵般的无限理想，试图重新创造世界的美，量度世界的广大无垠，解释世界的奥秘。达·芬奇的一生始终在探索艺术的高贵气质，只有在美的创造中他才能感到心满意足。15世纪意大利的科学与理智、美的追求与创造，由于达·芬奇而登峰造极。达·芬奇深刻地理解，要创造充满活力的艺术形象，光靠细部的逼真是不行的，画家必须在表现人物内心情感上下工夫，只有这种发人深思能给人留下想象空间的艺术形象，才是最有生命力的。
蒙娜丽莎，这是一个永远探讨不完的问题。当今，世上有研究《蒙娜丽莎》的专着数百部，而有近百名学者将此画作为终身课题。时间的推移不会使疑团得到解决，只会随着研究的深入，将更多的疑惑留给后人。蒙娜丽莎，也是一个神话，它与达·芬奇无关，似乎完全是后人制造的。这个神话像雪球，随着时间的推移不断滚动，无限膨胀。
